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拷贝数变异检测——MLPA相关检测


多重连接探针扩增技术(multiplex ligation-dependent probe amplification ,MLPA)

       指在探针和靶序列DNA进行杂交,之后通过连接、PCR扩增,产物通过毛细管电泳分离及数据收集,根据扩增峰的改变就可判断靶序列是否有拷贝数的异常或点突变存在。CMA技术提供了一种高分辨率、全基因组范围,检测染色体拷贝数不平衡改变的方法。是检测外显子层面拷贝数变异的金标准方法之一。

 
 

拷贝数变异检测——CNV芯片


染色体基因芯片分析(Chromosomal Microarray Analysis,CMA)
      指在所有芯片基础上的基因组拷贝数变异(CNV:Copy Number Variation)分析,包括基于寡核苷酸芯片的比较组杂交(aCGH: array-based Comparative Genomic Hybridization)基因SNP的基因分型芯片。CMA技术提供了一种高分辨率、全基因组范围,检测染色体拷贝数不平衡改变的方法;
      CNV 与很多人类疾病相关,从包括各种孟德尔遗传病,到一些常见的复杂疾病,如表观畸形、发育迟缓/ 智力障碍(DD:Developmental Delay / ID:Intellectual Disability)、孤独症(ASD: Autism Spectrum Disorder),肥胖和癫痫等。注:CNV 包括基因组的缺失和扩增,片段从小于1 kb 到Mb 级不等;


检测方法(分子遗传学技术)采用Affymetrix公司CytoScan750k芯片


文献支持
·Miller等整理了21698例CMA检测结果,将他们的经验总结为共识发表在2010年5月的《美国人类遗传学杂志》上,建议将CMA作为临床原因不明的DD、ASD和MCA(Multiple congenital anomalies,多种先天性异常)的首选技术。

参考文献:Miller DT, Adam MP, Aradhya S, et al. Consensus statement: chromosomal microarray is a first-tier clinical diagnostic test for individuals with developmental disabilities or congenital anomalies. Am J Hum Genet,2010,86(5):749-764.
·Hochstenbach等总结了36 325例DD病例的CMA检测结果,发现致病性CNV的检出率为19%,建议将CMA作为发育落后(DD)的首选检测方法。

参考文献:Hochstenbach R, van Binsbergen E, Engelen J,et al. Array analysis and karyotyping: workflow consequences based on a retrospective study of 36325 patients with idiopathic developmental delay in the Netherlands. Eur J Med Genet, 2009,52(4): 161-169.
·Shen等对ASD患儿进行CMA检测,其结论同样建议将CMA作为儿童ASD的首选检测技术。

参考文献:Shen Y,  Dies KA, Holm IA, et al. Clinical genetic  testing for patients with autism spectrum disorders. Pediatrics, 2010,125(4):727-735

 


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